Как сообщает сайт Счетной палаты РФ, в ходе проверки Минтранса Счетной палатой был выявлен ряд нарушений и недостатков. Так, планирование бюджетных обязательств на проведение мероприятий по информатизации осуществлялось с нарушением постановления Правительства России №365 «О координации мероприятий по использованию информационно-коммуникационных технологий в деятельности государственных органов». Вопреки правилам подготовки планов информатизации государственных органов и отчетов об их выполнении, утвержденных указанным постановлением, Минтрасом России без согласованного с Минкомсвязью России плана информатизации финансировались работы по созданию аппаратно-программного комплекса автоматизированного учета «Тахографический контроль», Единой государственной информационной системы обеспечения транспортной безопасности, Автоматизированной системы управления транспортным комплексом.

При планировании расходов федерального бюджета Минтрансом недостаточное внимание уделялось определению потребностей в бюджетных средствах. Бюджетные ассигнования на предоставление субсидий регионам для информационно-навигационного обеспечения автомобильных маршрутов были уменьшены на 900 млн. рублей. При этом уровень освоения регионами указанных субсидий в 2013 году составил 16%, в 2014 году - 30%.

Традиционно Минтранс своевременно не передает приобретаемое оборудование эксплуатирующим организациям. Так, оборудование общей стоимостью 360 млн. рублей, приобретенное в 2014 г. в рамках ФЦП «ГЛОНАСС», на 1 января 2015 г. находилось на складах производителей, не смонтировано и не введено в эксплуатацию.

По итогам проверки принято решение направить представление в Министерство транспорта и Федеральное казенное учреждение «Ространсмодернизация», обращение - в Генеральную прокуратуру, а также заключение - в Государственную Думу и Совет Федерации Федерального Собрания Российской Федерации.