На сайте Консультант Плюс размещено Постановление Правительства РФ от 05.09.2016 N 875 "О внесении изменений в Положение о Министерстве транспорта Российской Федерации", которым на Минтранс России возложен ряд полномочий, связанных с размещением зданий и сооружений, используемых для пограничного контроля.

Так, к компетенции Минтранса России отнесено:

- принятие решений о предварительном согласовании предоставления земельного участка для размещения зданий и сооружений, необходимых для организации пограничного, таможенного и иных видов контроля в пунктах пропуска через государственную границу РФ, при предоставлении земельных участков;

- принятие решений о предоставлении земельных участков из земельных участков, которые находятся в федеральной собственности, и об утверждении схемы расположения земельного участка или земельных участков на кадастровом плане территории в целях размещения зданий и сооружений, необходимых для организации пограничного, таможенного и иных видов контроля в пунктах пропуска через государственную границу РФ, при предоставлении земельных участков;

- принятие решений о подготовке документации по планировке территории в целях размещения зданий и сооружений, необходимых для организации пограничного, таможенного и иных видов контроля в пунктах пропуска через государственную границу Российской Федерации, разработке и утверждении такой документации в соответствии с Градостроительным кодексом РФ.

С текстом Постановления можно ознакомиться по ссылке.