Согласно приказу Министра № 345 от 15.04.2004 г утверждена следующая структура департаментов:

1. Департамент государственной политики и регулирования в области природопользования (70)
Директор Департамента (1)
Заместители Директора Департамента начальники отделов (2)
1. Отдел регулирования основ недропользования (17)
2. Отдел ресурсов недр континентального шельфа, Мирового океана, Арктики и Антарктики (10)
3. Отдел геологии и воспроизводства минерально-сырьевой базы (16)
4. Отдел регулирования основ лесопользования (6)
5. Отдел регулирования воспроизводства лесного фонда (6)
6. Отдел бассейнового регулирования (6)
7. Отдел водных ресурсов (6)

2. Департамент государственной политики в области охраны окружающей среды (51)
Директор Департамента (1)
Заместители директора Департамента начальники отделов (2)
1. Отдел нормативного регулирования деятельности особо охраняемых территорий (9)
2. Отдел нормативного регулирования сохранения биоразнообразия, охраны биоресурсов и среды их обитания (11)
3. Отдел обеспечения нормирования качества и охраны почв, земель, поверхностных вод и атмосферного воздуха (10)
4. Отдел регулирования деятельности по обращению с отходами (7)
5. Отдел нормативного обеспечения экологической безопасности при особых видах воздействия на окружающую среду (5)
6. Отдел нормативного и методического обеспечения государственной экологической экспертизы (6)

3. Правовой Департамент (50)
Директор Департамента (1)
Заместители директора Департамента начальники отделов (2)
1. Отдел законодательства о недрах и водного законодательства (10)
2. Отдел лесного и смежного законодательства (10)
3. Отдел законодательства в области охраны окружающей среды (11)
4. Отдел юридического сопровождения деятельности МПР России (11)
5. Отдел планирования и координации взаимодействия с палатами Федерального Собрания Российской Федерации (5)

4. Департамент управления делами и кадров (67)
Директор Департамента (1)
Заместители директора Департамента начальники отделов (2)
1. Отдел кадров (9)
2. Отдел делопроизводства (18)
3. Административно-хозяйственный отдел (7)
4. Спецотдел (7)
5. Организационно-инспекторский отдел (7)
6. Отдел оперативного контроля (8)
7. Отдел финансового контроля (8)

5. Департамент экономики и финансов (62)
Директор Департамента (1)
Заместители директора Департамента начальники отделов (2)
1. Отдел бюджетного планирования (15)
2. Отдел экономики природопользования (13)
3. Финансовый отдел (10)
4. Отдел бухгалтерского учета (9)
5. Отдел организации и координации НИОКР (6)
6. Отдел информационных ресурсов и технологий (6)

6. Департамент международного сотрудничества в области охраны окружающей среды и природопользования (39)
Директор Департамента (1)
Заместители директора Департамента начальники отделов (2)
1. Отдел регулирования двустороннего сотрудничества (6)
2. Отдел конвенций и многосторонних соглашений (6)
3. Отдел сотрудничества со странами СНГ (6)
4. Отдел сотрудничества с международными организациями и ЕС (6)
5. Отдел протокола (7)
6. Отдел государственных докладов (5)

Общая численность структуры МПР России составляет 370 единиц.

МПР России формирует территориальные органы Федеральной службы и Федеральных агентств, которые создаются на базе соответствующих служб действующих территориальных органов Министерства


В соответствии с Указом Президента Российской Федерации и Постановлениями Правительства РФ Министерство природных ресурсов России в настоящее время формирует территориальные органы Федеральной службы и Федеральных агентств, которые создаются на базе соответствующих служб действующих территориальных органов Министерства.

Сегодня в системе Министерства природных ресурсов Российской федерации действуют 113 территориальных органов, в том числе: 7 департаментов государственного контроля и перспективного развития в сфере природопользования и охраны окружающей среды (по федеральным округам), 87 главных управлений природных ресурсов и охраны окружающей среды (в субъектах Федерации), 16 бассейновых водных управлений», - сказал Виктор Шеин, руководитель Департамента управления делами и кадров МПР России, на всероссийском селекторном совещании 26 апреля 2004 года. На базе действующих создаются следующие территориальные органы: Федеральной службы по надзору в сфере экологии и природопользования, Федерального агентства водных ресурсов, Федерального агентства лесного хозяйства и Федерального агентства по недропользованию. Общая численность всех территориальных органов Федеральных служб позволит без потери квалифицированных специалистов сформировать все подразделения.