1. Может ли авторское произведение создаваться по наставлениям и инструкциям?
Конечно, нет. Читайте Закон:
Статья 6. Объект авторского права. Общие положения
1. Авторское право распространяется на произведения науки, литературы и искусства, являющиеся результатом творческой деятельности, независимо от назначения и достоинства произведения, а также от способа его выражения».
Применение инструкций и наставлений это производственная, техническая и пр. деятельность, но уж никак не творческая по самому определению творчества.
Творческая деятельность характеризуется неповторимостью, оригинальностью и общественно-исторической уникальностью.

2. Распространяется ли авторское право на информацию о положении и свойствах пространственных объектов отображаемых на топографических картах?
На этот вопрос отвечает закон об авторском праве.
Статья 6. Объект авторского права. Общие положения
4. Авторское право не распространяется на идеи, методы, процессы, системы, способы, концепции, принципы, открытия, факты.
Положение объекта факт, свойства объекта факт. Т.е. из закона однозначно вытекает, что не является объектом авторского права и предмета для дискуссии нет.

3. Какая деятельность в процессе создания и обновления топографических карт приводит к появлению авторских прав?
На этот вопрос также отвечает Закон: «творческая, т.е. характеризующаяся неповторимостью, оригинальностью и общественно-исторической значимостью».
Тут, наверное, уместней спросить, что в карте может быть объектом авторских прав. Конечно же, не вся карта в целом, а только те, элементы, которые характеризуются неповторимостью и оригинальностью. Например, отдельные условные знаки, компоновка карты в целом, пояснительные статьи и т.п.

Рассмотрим по аналогии сборник стихов. Стихи, несомненно, являются объектами авторского права, но стихи поэтов 19 века уже нет, поскольку истек срок действия авторского права (50 лет). Таким образом, сами произведения уже не будут объектом авторского права, а сборник в целом будет, поскольку подбор произведений, их размещение, компоновка и пр., несомненно, неповторимы и оригинальны, т.е. сформированы в результате творческого труда. Если же в такой сборник вошло произведение современного поэта, то это станет составным произведением, т.е. объектами авторского права станут сам сборник и произведение современного поэта, а другие произведения поэтов 19 века не будут объектами авторского права.

Также и карта. Возьмем, например, номенклатурный лист топографической карты. Он полностью создан по нормативным документам, такой же как другие листы, издававшиеся в прежние годы, т.е. не отличается ни оригинальностью, ни неповторимостью, ни исторической уникальностью. Т.е. и сам не является результатом творчества и не включает других произведений созданных творческим трудом. Т.е. объектом авторского права не является, не смотря на то, что топографические карты отнесены к объектам авторского права. Т.е. карты отнесены, но конкретная карта не является, в силу того, что не содержит результатов творческого труда.

Если же на базе этой карты, создана туристская схема, где те же дороги показаны каким-то уникальным неповторимым способом, населенные пункты нарисованы уникальными значками и пр., сама карта скомпонована не одним листом, а какой-то веерной гармошкой, что и в карман лезет и сразу открывает нужный фрагмент и пр., то, несомненно, эта туристическая схема будет объектом авторского права, поскольку и вся в целом уникальна и включает уникальные изображения. А оставшиеся без изменений реки, подписи и пр. объектом авторского права в составе авторского произведения не будут.

4 Можно ли топографические карты считать произведениями науки?
Несомненно, да. Научное произведение это представление научных знаний (статьями, монографиями, схемами, планами, и т.п. в том числе картами). Так что смотреть надо по содержанию. Если карта воплощает в себе результат новых научных знаний, то, несомненно, это произведение науки, а если только объективную реальность, то нет. Например, карту города Муходранска, вряд ли можно назвать произведением науки, а вот карту стоянок первобытного человека на территории Кемеровской области, созданную в результате научной экспедиции несомненно, можно назвать научным произведением. Так же как и любое другое воплощение научных знаний. Например, статья может быть научной, литературной и пр., т.е. не обязательно научной. Тогда она не является научным произведением.
Теперь с точки зрения Закона об авторском праве и смежных правах.

С одной стороны авторское право распространяется на произведения науки, литературы и искусства:
Статья 6. Объект авторского права. Общие положения
1. Авторское право распространяется на произведения науки, литературы и искусства, являющиеся результатом творческой деятельности, независимо от назначения и достоинства произведения, а также от способа его выражения.

С другой стороны:
Статья 7. Произведения, являющиеся объектами авторского права
1. Объектами авторского права являются:
географические, геологические и другие карты, планы, эскизы и пластические произведения, относящиеся к географии, топографии и к другим наукам;

Таким образом, ответ однозначен карты, относящиеся к наукам, признаются законом объектом авторского права, т.е. в соответствии со ст. 1 могут быть произведениями одного из трех (список конечен), поэтому, несомненно, науки.

В общем-то, все ответы есть в законе, поэтому свободы для дискуссии я не просматриваю, но на истину я не претендую, т.е. оговариваюсь, что это только мое мнение. Возможно, каких-то сторон я просто не вижу.

Понимая, как мне кажется, подоплеку обсуждения могу сказать следующее. Любую карту нельзя рассматривать объектом авторского права на основании того, что законом карты отнесены к таковым объектам. Так хочет представить Роскартография. Но это также абсурдно, как если бы любая книга признавалась бы объектом авторства только потому, что она книга.
В законе сказано четко «Авторское право распространяется на произведения науки, литературы и искусства, являющиеся результатом творческой деятельности». Так и надо понимать. Если в карте присутствует нечто, являющееся результатом творческого труда, т.е. характеризуемое уникальностью и неповторимостью, то такая карта, несомненно, объект авторского права.

Т.е. надо отбросить содержание карты, там ничего творческого (уникального и неповторимого нет) это факт, и рассматривать изображение. Соответствует требованиям нормативных документов, или общепринятым и общеупотребимым нормам, или использовалось где-то и как-то ранее, или всего лишь незначительная очевидная модернизация перечисленного; или сформировано в результате применения нормативного метода (обобщено или генерализовано по существующим или общеупотребимым правилам), значит, ничего творческого не несет. Если есть изображения, компоновки и пр., отличающиеся уникальностью и неповторимостью, то, несомненно, авторское произведение.