В соответствии с Указом Президента РФ от 25 апреля 2006 г. № 426 «Об открытом акционерном обществе «Российская корпорация ракетно-космического приборостроения и информационных систем» и во исполнение Постановления Правительства РФ от 2 июня 2006 г. № 347 была проведена реорганизация ФГУП «РНИИ КП», в ходе которой с 5 декабря 2006 г. к нему было присоединено федеральное государственное унитарное предприятие «Научный центр космических информационных систем и технологий наблюдений» (ФГУП «Центр космических наблюдений») в качестве филиала Научно-технологический центр космического мониторинга Земли (НТЦ КМЗ).

НЦ ОМЗ вошел в состав НТЦ КМЗ как структурное подразделение, выполняющее функции наземного комплекса Федерального космического агентства по приему, регистрации, обработке и распространению информации, поступающей с космических систем ДЗЗ.